Zeratul jest mrocznym templariuszem, osławionym psionicznym wojownikiem i zabójcą, którego przodków przed ponad tysiącem lat wygnano z Aiur, ojczyzny protosów.
Mroczni templariusze odmówili przyłączenia się do khali, umysłowej wspólnoty scalającej społeczność protosów, woleli bowiem żyć jako wolne jednostki. Zeratul sprawuje funkcję prałata mrocznych templariuszy, a najprawdopobniej najlepiej znany jest z roli jaką odegrał w uratowaniu rasy protosów przed zagrożeniem ze strony zergów.
‘Podróżowałem poprzez mrok oddzielający najodleglejsze gwiazdy. Dane mi było oglądać narodziny ciemnych słońc i być świadkiem dezintegracji całych wymiarów…’
To Zeratul zdołał przełamać uprzedzenia egzekutora Tassadara, gdy obaj protosi spotkali się na Char, przygotowując grunt pod zjednoczenie protosów z Aiur i mrocznych templariuszy. To również Zeratul jako pierwszy zgładził cerebrata, mimo że istoty te uważane były za nieśmiertelne. Co najistotniejsze, to właśnie Zeratul powrócił z Tassadarem na Aiur i nadał bieg wydarzeniom, które miały na nowo połączyć podzieloną rasę protosów i obalić tyrańskie rządy konklawe.
Zeratul walczył u boku Tassadara, aby zniszczyć Nadświadomość, która dokonała inwazji na Aiur. Następnie pomógł protosom w ewakuacji planety, pustoszonej przez hordy zergów. Kiedy rój podążył za uchodźcami na Shakuras, planetę mrocznych templariuszy, Zeratul pomógł w odzyskaniu kryształów Khalis i Uraj, dzięki którym protosi aktywowali świątynię xel’naga i wytrzebili najeźdźców. Później, kiedy mroczny archont Ulrezaj zagroził, że zniszczy protosów z Aiur rzekomo „kalających” Shakuras, Zeratul odegrał kluczową rolę w udaremnieniu jego morderczych planów.
Zeratul jednakże nosi w sobie niejedno straszliwe brzemię. Zabijając cerebratę Zasza, na moment wszedł w telepatyczny kontakt z Nadświadomością. I choć uzyskał wtedy wiele informacji na temat planów Nadświadomości, to istota sprawująca władzę nad zergami zdołała wydobyć z jego umysłu położenie ojczyzny protosów – był to początek końca Aiur. Ponadto Zeratul ma za sobą długą i pełną goryczy znajomość z Królową Ostrzy. Przywódczyni zergów wielokrotnie manipulowała nim i zdradzała go, w czasie gdy niszczyła pozostałych przy życiu cerebratów, by zapewnić sobie władzę nad rojem zergów po śmierci Nadświadomości.
Jednym z punktów planu Królowej Ostrzy było przejęcie kontroli nad wielbioną przez swój lud protoską przywódczynią Raszagal. Zeratulowi udało się ją później uwolnić, okazało się jednak, że jej dusza została nieodwracalnie skażona. Zeratul z wielkim żalem odebrał Raszagal życie, aby oszczędzić jej losu zabawki w rękach Królowej Ostrzy. Śmiertelny cios oczyścił umysł Raszagal, która podziękowała Zeratulowi i mianowała go przywódcą mrocznych templariuszy. Zeratul czuł jednak, że nie jest godzien dostąpić takiego zaszczytu, gdyż nosi w sercu zbyt wiele bolesnych doświadczeń.
„Dobrze powiedziane oblubienico zergów. Nie myśl jednak, że skoro uderzamy na ciebie z cienia, to brak nam odwagi, by stanąć w pełnym świetle.”
Na pewien czas Zeratul skupił się na bardziej naglącym zadaniu: skontaktowaniu się ze wszystkimi protosami znajdującymi się w pobliżu, którzy zdołali przetrwać zdradę Królowej Ostrzy. Tropiąc protoskie sygnały energetyczne podążył na nieznany księżyc. Zeratul miał nadzieję, że połączy się tam ze swoimi towarzyszami i wraz z nimi powróci na Shakuras, by zaplanować dalsze kroki. Jednak na miejscu zamiast protosów odnalazł byłego agenta Królowej Ostrzy, tajemniczego Samira Durana, który eksperymentował nad stworzeniem istot będących hybrydami zergów i protosów. Choć Zeratul zniszczył laboratorium Durana, ten oznajmił mu, że było to zaledwie jedno z wielu takich miejsc. Samir zdradził również, że na przestrzeni tysiącleci znany był pod wieloma imionami i nie służył Królowej Ostrzy, lecz „znacznie potężniejszym mocodawcom”. Zeratul, głęboko poruszony tym, co zobaczył, wraz z garstką swoich zwolenników przy boku, wyruszył na dobrowolne wygnanie. Kontynuował jednak poszukiwania odpowiedzi na to, kim w istocie był Duran i jaką mroczną wizję przyszłością starał się zrealizować.
